杨爱民是较早提出生态肥概念的专家之一，他的第一篇有关生态肥的文章发表在《科技日报》上。杨爱民认为，生态肥就是从生态平衡考虑，使所需各种元素在自然生态循环过程中被农作物吸收，从而提高农作物产量和品质的肥料。

　　从第二次世界大战时的机械时代，到第二次大战后的化学时代，杨爱民说，未来的发展将是微生物的时代。目前，众多研究领域已深入到了微生物时代，在今后几十年，以及更远，这将成为一个大方向。微生物时代侧重的是自然的生态合成和分解，这是人类走出环境困境的有效途径之一。微生物研究的水平标志一个国家整体科研水平的高低。例如，美国、加拿大、德国微生物研究起步较早，而且已经制定了相应的国际标准。

　　上个世纪90年代初，杨爱民就在中科院主攻微生物肥料研究。1995年，国家部委召开了一次肥料专家会，专家大多对当时的微生物肥料、有机肥料等新型肥料持否定态度，并表示应该彻底清理。杨爱民认为，研究微生物肥料的初衷就是要取代化肥，就目前来说，绿肥、有机肥、微生物肥、化肥应该平衡发展，“四套马车”都要用，同时，以化肥为主，因为，毕竟化肥是无法取代的。

　　杨爱民认为，必须承认化肥不可替代的地位，但是新型肥料也不能不发展，这是事物发展的规律。任何一个事物，做到最成熟的时候，就会发现前期研究成果的幼稚。从社会学意义上讲，最初的造反者极少数能够进化过来建立新制度，后来还是被革命，最后的革命者才是胜利者，但是造反者也有功劳。新型肥料的发展也是如此，如果没有专家所说的假冒产品，全国用户就不知道什么是新型肥料，他们是最初的造反者，想尽办法利用各种渠道宣传了新型肥料。现在国内的新型肥料厂家都是化肥掺混有机肥，有的是在化肥中添加菌种，国外也是如此，他们的发展是微生物肥料走向成熟不可或缺的阶段。

　　真正的微生物肥料没有出现，但是研究方向非常清晰。比如氮肥，必须从固氮菌入手。固氮菌有两种，一种是看得到的根瘤菌，另一种是自生固氮菌，不依靠作物。根瘤菌与作物共生，研究相对简单，所以共生根瘤菌研究得很好，从理论到实践，都取得了很大的进步。磷细菌本身对作物生长没有直接作用，而它可以将磷元素转化为五氧化二磷促进作物吸收。农作物对其它元素的吸收，同样可以通过微生物来完成。